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牙齒過長
長期食用柔軟的食物，牙齒無法正常齧磨而生長過長，生長過度的牙齒會傷害口腔內部，影響食物的攝取，此外還會併發牙齦腐敗、鼻炎等症狀，這也將造成牙齒逐漸鬆動而掉落。一邊牙齒掉落後，另一邊的牙齒因缺乏正常的齧磨，需進行定期的切斷手術。

打架造成的傷害
松鼠有攻擊團體中弱者的習性。外觀狀似健康，但已罹患重病的松鼠，就會遭到健康松鼠的攻擊，如果解剖這些被攻擊而死的松鼠，將會發現早已患有重病，此外，體弱的松鼠，也很容易遭到攻擊，發現松鼠打架，應將每只松鼠用籠子隔開，受傷的部位，應用抗生素治療，以免傷口化膿；較大的傷口，應進行手術縫合。由於有自相殘殺的可能，體弱的松鼠應儘早進行隔離。

肺炎
壓力過大、過度潮濕、空氣流通不暢時，松鼠很容易罹患肺炎，出現咳嗽、食欲不振、無精打采等症狀，而後死亡，而人類的感冒，也可能傳染給松鼠，應特別注意，可服用抗生素進行治療。

低鈣血症
產前、產後的雌松鼠會罹患此病，由於血液中的鈣濃度降低，而出現痙攣、麻痹、運動失調等症狀。這時若不及早注射鈣劑，將有死亡之慮，可在懷孕以及產後哺乳的雌松鼠的飲食中添加鈣劑，作為預防方法，此外，日光浴也很重要。

佝僂病
松鼠如同人類一般，也會罹患佝僂病，除必須經常補充鈣及活性維生素D外，日光浴也是不可欠缺的，使用人造太陽燈的效果不錯，但需注意紫外線的波長不當會造成嚴重的灼傷，因此使用前最好詳細詢問清楚。

尿道炎
尿道受到細菌感染會形成尿道炎，雄性松鼠由於陰莖腫大，也會發生排尿困難，由於排尿時產生的疼痛，會發出痛苦的叫聲，若發現這些症狀，應立刻驗尿，使用適當的抗生素治療。

骨折
當松鼠在屋內遊玩時，可能因不當的跳躍而發生骨折，單純的骨折，只要遵照醫院的指示，不需手術就能痊癒，松鼠不耐麻醉，最好避免進行手術。但若傷及脊椎骨，癒後情況可能不佳。